Bioloogia õpitulemuste hindamine lähtub õppekava üldosas, aga ka teistes hindamist reguleerivates dokumentides toodud hindamisalustest. Seejuures hinnatakse ainekavaga määratletud õpitulemuste saavutatust. Kõiki tulemusi ühendavaks märksõnaks on probleemide lahendamine ja uurimuslik lähenemine. Probleemide – lahendaja jaoks väärtust omavate algselt vastuseta ülesannete – lahendamisega omandatakse nii bioloogiaalased teadmised kui ka oskused. Õpitulemused jagunevad kahte valdkonda: i) mõtlemistasandite arendamine bioloogia kontekstis, ii) uurimuslikud ja otsuste tegemise oskused. Nende suhe hinde moodustumisel võiks kujuneda vastavalt 70% ja 30%.
Õpilaste mõtlemistasandite arengut bioloogias hinnatakse kahel tasemel lähtuvalt saavutatud õpitulemustest: i) madalamat järku, ii) kõrgemat järku. Hinde moodustumisel peaks nende vahekord olema gümnaasiumis 40% ja 60%. Madalamat järku mõtlemistasandid hõlmavad teadmist ja arusaamist ning kõrgemat järku tasandid analüüsi, sünteesi ja hinnangute andmist (hindamist). Rakendamise tasand sõltub tulemuste saavutamiseks vajalikest alaoskustest ning võib seetõttu ühel juhul kuuluda madalamale (enamasti arusaamise), teisel aga kõrgemale tasandile. Õpitulemuste sõnastuses seostuvad madalamat järku mõtlemistasanditega järgnevad märksõnad, mida saab kasutada vastavate ülesannete koostamisel: teab, selgitab, toob näiteid, kasutab. Kõrgemat järku mõtlemistasanditega seostuvad märksõnad: võrdleb, seostab, koostab, kavandab, lahendab ülesandeid, analüüsib, hindab.
Seejuures hinnatakse järgmisi aspekte:
1. Planeerimisel:
- probleemi sõnastamine,
- taustinfo kogumine ja kriitiline hindamine,
- uurimisküsimuste ja hüpoteeside sõnastamine,
- katse kavandamine.
2. Uuringu läbiviimisel:
- töövahendite käsitsemine,
- katse läbiviimise hoolikus ja organiseeritus,
- mõõtmine,
- andmekogumismeetodite rakendamine,
- täpsuse tagamine,
- ohutusnõuete järgimine.
3. Tulemuste analüüsil, tõlgendamisel ja esitamisel:
- arvandmete tabelite korrastamine,
- tabelite analüüs,
- tabelite põhjal diagrammide koostamine,
- diagrammide analüüs,
- järelduste ja üldistuste tegemine,
- järelduste ja üldistuste usaldusväärsuse hindamine,
- järelduste ja üldistuste rakendamine prognoosimisel,
- uuringu muutmisvajaduse põhjendamine,
- põhitulemuste ja järelduste esitamine verbaalses ja visuaalses vormis.
Probleemide lahendamisel hinnatavad üldised etapid on i) probleemi määratlemine, ii) probleemi sisu avamine, iii) lahendusstrateegia leidmine, iv) strateegia rakendamine, v) tulemuste hindamine. Mitme samaväärse lahendiga probleemide puhul lisandub neile veel otsuse tegemine. Enamlevinud mitme lahendiga probleemid on dilemmad. Nende lahendamisel peab silmas pidama, et kompetentne otsus ei lähtu vaid ühest seisukohast (näiteks teaduslikust), vaid on kõigi osapoolte argumente arvestav kompromiss. Näiteks enamiku keskkonnaalaste otsuste tegemisel arvestatakse teaduslikke, majanduslikke, seadusandlikke ja eetilis-moraalseid aspekte. Dilemmaprobleemide lahenduse hindamisel arvestatakse, mil määral on suudetud otsuse tegemisel arvesse võtta eri osapoolte argumente. Otsuse tegemise metoodika õpetamisel on otstarbekas kasutada rühmatöö ja ühisõppe meetodeid.